Bij besluiten van 18 juli 2006, 27 september 2006 en 22 december 2006 heeft de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit (hierna: de minister) verzoeken tot handhaving van verbodsbepalingen van de Flora- en faunawet (hierna: Ffw) van de stichting Stichting Het Wantij (hierna: de stichting) afgewezen.
Bij besluit van 13 oktober 2006 heeft de minister aan de gemeente Dordrecht (hierna: de gemeente) ontheffing verleend van het verbod op het uitsteken, vernielen, beschadigen, ontwortelen, of op enigerlei wijze van de groeiplaats verwijderen van het ruig klokje en van het verbod op het beschadigen, vernielen, wegnemen of verstoren van nesten, holen of andere voortplantings- of vaste rust- of verblijfplaatsen van de kleine modderkruiper, de rivierprik en de rivierrombout.